Małopolski Spółdzielczy Związek Rewizyjny w Krakowie został założony w grudniu 1991 r. z inicjatywy 12 Gminnych Spółdzielni woj. krakowskiego. Był pierwszym związkiem w kraju w pionie „SCh” założonym po zawieszeniu działalności lustracyjnej w spółdzielczości w wyniku ustawy z 20 stycznia 1990 r. o zmianach w organizacji i działalności spółdzielczości.
W czasie tworzenia Związku nie działały żadne związki spółdzielcze, bowiem ustawowo w 1990 r. zostały one poddane likwidacji.
Celem powołania Związku było w szczególności utworzenie takiej organizacji spółdzielczej, która będzie integrować środowisko spółdzielcze w trudnych i złożonych warunkach dokonujących się w Polsce przemian społeczno-gospodarczych oraz pomagać spółdzielniom w dostosowaniu działalności do warunków wolnego rynku.
Pomoc ta w pierwszym okresie działania MSZR polegała głównie na szkoleniach, doradztwie i instruktażu dla kierownictwa, samorządu i pracowników spółdzielni. Zgodnie ze zgłaszanymi potrzebami dotyczyło to głównie zagadnień ekonomicznych, rachunkowości i rozliczeń z budżetem, systemu ubezpieczeń społecznych oraz prawa spółdzielczego. Duże było również zainteresowanie rozliczeniami technologicznymi zakładów produkcyjnych, szczególnie piekarni.
Ponadto dokonywano indywidualnych bezpośrednich dojazdów do spółdzielni w celu pomocy przy rozwiązywaniu bieżących problemów. Po znowelizowaniu w 1994 r. Prawa spółdzielczego poza kontynuacją poprzednich zadań podjęto realizację podstawowego zadania statutowego - tj . przeprowadzanie lustracji.
Związek zapewnia przeprowadzenie w każdej spółdzielni raz na trzy lata lustracji, a więc przestrzegany jest ustawowy wymóg w tym zakresie. Dla zapewnienia sprawnej realizacji tego zadania opracowywany jest plan lustracji na okres 3 lat, który przekazywany jest do wiadomości wszystkim spółdzielniom - członkom Związku.
W styczniu 1996 r. MSZR jako pierwszy w kraju związek lustracyjny został wpisany na listę podmiotów uprawnionych do badania sprawozdań finansowych. W czasie każdej lustracji ustawowej dokonuje się przeglądu sprawozdania finansowego za ostatni rok poprzedzający lustrację.
Po każdej lustracji do Rady Nadzorczej i Zarządu Spółdzielni przekazywane są wnioski usprawniające, które wynikają z ustaleń lustracji.
Wszystkie lustracje są przeprowadzane przez etatowych lustratorów Związku. MSZR nie zleca żadnych czynności osobom spoza pracowników Związku.
Aktualnie Związek zrzesza 68 spółdzielni. Dla usprawnienia obsługi lustracyjnej spółdzielni w 1995 r. utworzony został Oddział Związku w Tarnowie. Sytuacja finansowa MSZR jest stabilna i dobra. Za przeprowadzenie lustracji oraz przegląd sprawozdania finansowego nie są pobierane żadne opłaty. W ramach składki członkowskiej udzielane są również bezpłatne porady i konsultacje głównie w sprawach finansów, rachunkowości, rozliczeń z budżetem i prawnych.
Najwyższym organem Związku jest Zjazd Delegatów, w którym uczestniczą przedstawiciele wszystkich członkowskich spółdzielni. Zjazd odbywa się co roku.
Nadzór nad działalnością Związku sprawuje 9-osobowa Rada Nadzorcza wybrana spośród członków.
Pracami Związku kieruje dwuosobowy Zarząd oraz trzech Pełnomocników.